闇の神殿
全50階層
破壊神（ラファエロ）を追いかけて挑むことになるストーリー上のラストダンジョン。
階層自体は非常に長い50Fだが10F毎にチェックポイントを得ることができるため装備を整えながらじっくり攻略できる。
クリアまでのコツ
10F毎に召喚獣のボスを倒せばチェックポイントを得ることができるため装備とアイテムを整えながら攻略していこう。さらに10F毎にワンランクずつ装備の質も上がったものが入手できるようになる。じっくり強化と合成を繰り返して万全の状態を常に整えたい。
10F イフリート
20F シヴァ
30F ラムウ
40F バハムート
ラストダンジョンに中ボスとして登場するバハムート。古代の遺跡のボスだったイプシロンにさらに能力を追加したような性能をしている。メガフレアを喰らうとチョコボにかけていたバフが剥がされてしまうのでフェニックスの尾などでリレイズを常にかけて戦うとなると少々物資的に厳しいかもしれない。アビリティを使ってバディ共々シェルをかけれる魔獣使いなどだとバフのかけ直しも簡単で戦いやすいかもしれない。
50F ラファエロ
今作のラスボス。毎ターンランダムでラファエロ（善）の干渉で攻撃をしてこないターンがあるが、狙って予測できるものではないため攻撃されなかったらラッキーだと思ったほうがいい。魔法よりどちらかというと物理攻撃が多めなのでバフはしっかりかけておこう、バハムートのようにバフは剥がしてこない。
一撃一撃は重いかもしれないが一度受けた攻撃のダメージを覚えておいてそれ以上にキープしながら戦えば苦戦はしないだろう。慌てずじっくり攻めれば倒すことはそう難しくない。
一度ラファエロを撃破すると破壊神として2戦目が始まるが、これといって難易度が急上昇するわけでもないので丁寧に立ち回ろう。2戦目でも攻撃してこないときがある。
もし、倒すのが難しいと感じるようだったら制限はないのでレベルをしっかり上げて挑戦していこう。
出現するモンスター
ブラッディバット
クリプトンベリ
デスナイト
クイーンクァール
モルボルグレート
イフリート
鉄巨人：鉄
ダークアイ
ナパーム
バジリスク
ゴブリンプリンス
マイン
ブラウンムース
マンドラダーク
シヴァ
メヂューサ
ジャボテンダー
マジックポット
サハギンゾンビ
バンデルクアァール
ブラウンムース
アースドラゴン
ダークババロア
ポイズントード
リッチ
ダークスティール
ゲンブ
アースエレメンル
グヘイスアイ
トンベリキング
鉄巨人：金
サボテキーラ
リリス
ダークエレメンタル
スペクター
ダークバジリスク
モルボルキング
アサルトシザー
ダークドラゴン
サタン
イフリート
シヴァ
ラムウ
バハムート
ラファエロ
